Thomas Weelkes (1576 – 30. marraskuuta 1623) oli brittiläinen säveltäjä ja urkuri. Hänen tuotantoonsa kuuluu muun muassa madrigaaleja.
Weelkes syntyi Sussexissa vuonna 1576. Hänen tarkasta syntymäpäivästään ei ole varmuutta, mutta hänet kastettiin 25. lokakuuta. Hän pääsi 22-vuotiaana urkuriksi Winchester Collegeen. Weelkes toimi urkurina kuolemaansa saakka. Hän kuoli Lontoossa 30. marraskuuta 1623. Hänen hautajaisensa olivat 1. joulukuuta 1623.